В МГУ предложили способ повысить эффективность вычислительного проектирования белков
Сотрудники Исследовательского центра в сфере искусственного интеллекта МГУ имени М.В. Ломоносова предложили подход для вычислительного проектирования белков, взаимодействующих с ДНК и РНК. Авторы использовали дополнительные механизмы управления построением белковой структуры и проверили их на 11 комплексах нуклеиновых кислот. Лучший результат дало сочетание двух механизмов, позволяющее учитывать и качество связывания с ДНК или РНК, и устойчивость белка. Работа опубликована в Journal of Chemical Information and Modeling.
Методы искусственного интеллекта давно используются для проектирования белков с заданными свойствами. Однако создание белков, способных связываться с нуклеиновыми кислотами — ДНК и РНК, остается сложной задачей. Такие молекулы имеют крупный размер, сложную пространственную организацию и особый характер взаимодействия с белками. Поэтому при вычислительном проектировании важно получить не только хорошее связывание с ДНК или РНК, но и устойчивую структуру самого белка.
Авторы исследования предложили усовершенствовать этот процесс с помощью дополнительных механизмов управления построением белковой структуры. Они помогают направлять расчеты так, чтобы одновременно учитывать два требования: качество взаимодействия белка с нуклеиновой кислотой и устойчивость получаемой структуры.